Ahja Keskkooli eelkäija on Kärsa kool, mis alustas tööd juba 1786. aastal. Esialgu oli tegemist koduõppega, regulaarse õppetöö alguseni 1850 kulus peaaegu sada aastat.
1929/30 õppeaastal sai kool ruume juurde Ahja endises härrastemajas.
Kuna kõik klassid härrastemajja ära ei mahtunud, jäi kooli kasutusse ka Kärsa koolimaja. Tolleaegseks koolijuhatajaks Ahjal oli Eduard Püttsepp. Õpilasi oli 147, õpetajaid oli 5. Ahja parki rajati kõlakoda ja kooliaed.
1945. aastal muudeti senine Ahja algkool 7-klassiliseks mittetäielikuks keskkooliks.
1948/49. õppeaastal avati 8. klass ning 1952. aastal lõpetas Ahja Keskkooli I lend – 6 õpilast.
1950 aastal ehitati lastevanemate abiga internaadihoone ja kooliaeda kasvumaja ning 1963/64 õppeaastal ujula Ahja järvele.
1965 aastal valmis koolimaja juurdeehitus. Samal aastal loodi sõprussidemed Läti Lielvarde Keskkooli ja Leedu Vepriai Keskkooliga.
70.aastatel rajati staadion, ehitati lasketiir ja mindi üle kabinetsüsteemile.
2. märtsil 1972 anti Ahja Keskkoolile Friedebert Tuglase nimi.
2.märtsist on saanud iga-aastane kooli aupäev, kus autasustatakse Fr.Tuglasele pühendatud maakondliku omaloomingukonkursi võitjaid. Kui ilm lubab, jalutatakse “Väikese Illimari” radadel. Samal päeval saavad kooli lõpetajad kooli märgi.
Jõudumööda jätkab kool aastate jooksul välja kujunenud traditsioone: maakondliku õpilasalmanahhi Illimari Sammu väljaandmise toetamist, iga-aastast maakondliku õpilasomaloomingu võistluse korraldamist ning Väikese Illimari valimist.
1996. aasta aprillis hävis osa koolimajast tulekahjus.
1996/97 õppeaastal toimus õppetöö kolmes majas. Mõisahoone renoveerimise tõttu pidime Fr. Tuglase memoriaaltoa külalistele sulgema.
Alates 1. septembrist 1997 toimub õppetöö taasavatud koolimajas.
2001.aastal lõpetas Fr Tuglase nim Ahja Keskkooli 50.lend.
Direktorid
Eduard Püttsepp 1929-1941 > Eduard Püttsepa elulugu
Osvald Võsu 1945-1952
Arno Kikas 1952-1960
Ülo Kõpp 1960-1971
Arvi Ootsing 1971-1978
Toomas Jõgi 1978-2006
Katrin Jõgeva alates 2006
